• facebook
  • linkedin
  • youtube

Munculé SARS-CoV-2 B.1.1.7 Silsilah

Amerika Serikat, 29 Desember 202012 Januari 2021

Summer E. Galloway, PhD 1 ;Prabasaj Paul, PhD 1 ;Duncan R. MacCannell, PhD 2 ;Michael A. Johansson, PhD 1 ;

John T. Brooks, MD 1;Adam MacNeil, PhD 1 ;Rachel B. Slayton, PhD 1 ;Suxiang Tong, PhD 1 ;Benjamin J. Silk, PhD 1 ;Gregory L. Armstrong, MD 2 ;

Matthew Biggerstaff, ScD 1 ;Vivien G. Dugan, PhD

Tanggal 15 Januari 2021, laporan iki dikirim minangka MMWRRilis Awal ing situs web MMWR (https://www.cdc.gov/mmwr).

Ing tanggal 14 Desember 2020, Inggris nglaporakevarian keprihatinan SARS-CoV-2 (VOC), garis keturunan B.1.1.7,uga diarani VOC 202012/01 utawa 20I/501Y.V1.*B.1.1.7 varian kira-kira wis muncul ing September2020 lan kanthi cepet dadi sirkulasi sing dominanVarian SARS-CoV-2 ing Inggris (1).B.1.1.7 wisdideteksi ing luwih saka 30 negara, kalebu Amerika Serikat.Minangkasaka 13 Januari 2021, kira-kira 76 kasus B.1.1.7 duwewis dideteksi ing 12 negara bagian AS.Multiple baris buktinunjukaké sing B.1.1.7 luwih irit ditularaké sakavarian SARS-CoV-2 liyane (13).Lintasan modeled sakavarian iki ing AS nuduhake wutah kanthi cepet ing awal 2021,dadi varian utama ing Maret.TambahPanularan SARS-CoV-2 bisa ngancam perawatan kesehatan sing tegangsumber daya, mbutuhake implementasine lengkap lan luwih ketatstrategi kesehatan masyarakat (4), lan nambah persentase sakakakebalan populasi dibutuhake kanggo kontrol pandemik.njupuklangkah-langkah kanggo nyuda transmisi saiki bisa nyuda potensialimpact B.1.1.7 lan ngidini wektu kritis kanggo nambah vaksinjangkoan.Secara kolektif, pengawasan genomik ditingkatakedigabungake karo selaras terus karo masyarakat efektiflangkah-langkah kesehatan, kalebu vaksinasi, jarak fisik,nggunakake topeng, kebersihan tangan, lan isolasi lan karantina, bakalpenting kanggo mbatesi panyebaran SARS-CoV-2, virus kasebutsing nyebabake penyakit koronavirus 2019 (COVID-19).strategistesting wong tanpa gejala nanging ing risiko luwihinfeksi, kayata sing kena infeksi SARS-CoV-2 utawa sing duwekontak kerep ora bisa diendhani karo umum, menehi liyanekesempatan kanggo matesi panyebaran sing terus-terusan.

Pengawasan genomik global lan shar open-source kanthi cepeturutan genom virus wis difasilitasi cedhak wektu nyatadeteksi, mbandhingake, lan nelusuri perkembangan SARS-CoV-2varian sing bisa ngandhani upaya kesehatan masyarakat kanggo ngontrolpandemi.Déné sawetara mutasi ing génom virusmuncul lan banjur surut, wong liya bisa menehi advan selektiftage kanggo varian, kalebu transmissibility meningkat, supayavarian kuwi bisa kanthi cepet dominasi varian sirkulasi liyane.

Ing awal pandemi, varian saka SARS-CoV-2 ngemotmutasi D614G ing spike (S) protein sing mundhakavidity naleni reseptor cepet dadi dominan ing akehwilayah geografis (5,6).Ing pungkasan musim gugur 2020, sawetara negara dilaporake ndeteksiVarian SARS-CoV-2 sing nyebar luwih irit.Kajaba ikukanggo varian B.1.1.7, varian kacathet kalebu B.1.351garis keturunan pisanan dideteksi ing Afrika Kidul lan sing bubar diidentifikasiB.1.1.28 subklade (jenengeP.1) dideteksi ing papat lelungansaka Brasil sajrone pemeriksaan rutin ing Haneda (Tokyo)bandara.§ Varian kasebut mawa konstelasi muta genetikkalebu ing domain pengikat reseptor protein S,sing penting kanggo ikatan karo sel inang angiotensin-ngonversi reseptor enzim-2 (ACE-2) kanggo nggampangake virusmlebu.Bukti nuduhake yen mutasi liyane ditemokake ing ikiVarian bisa menehi ora mung transmissibility tambah nangingbisa uga mengaruhi kinerja sawetara wektu nyata diagnostiktranskripsi mbalikkereaksi rantai polimerase (RT-PCR)teslan nyuda kerentanan kanggo netralake antibodi(2,3,510).A laporan kasus anyar nyathet kasus pisanan sakaInfeksi maneh SARS-CoV-2 ing Brasil kanthi varian SARS-CoV-2sing ngemot mutasi E484K, ** sing wis ditampilakekanggo ngurangi netralisasi dening sera convalescent lan monoklonalantibodi (9,10).

Laporan iki fokus ing munculé varian B.1.1.7ing Amerika Serikat.Ing tanggal 12 Januari 2021, ora anaB.1.351 utawa varian P.1 wis dideteksi ingAmerika Serikat.Kanggo informasi babagan emerging SARS-CoV-2Varian saka badhan, CDC njaga kaca web darmabakti kanggonyedhiyakake informasi babagan varian SARS-CoV-2 sing muncul.††

 B.1.1.7 garis keturunan (20I/501Y.V1)

Varian B.1.1.7 mawa mutasi ing protein S(N501Y) sing mengaruhi konformasi reseptor-nalenidomain.Varian iki nduweni 13 mutasi penentu garis keturunan B.1.1.7 liyane (Tabel), sawetara ana ing protein S,kalebu pambusakan ing posisi 69 lan 70 (del6970) ikungrembaka sacara spontan ing varian SARS-CoV-2 liyane lanhipotesis kanggo nambah transmissibility (2,7).Pambusakaning posisi 69 lan 70 nyebabake kegagalan target gen S (SGTF)ing paling siji RT-PCRtes diagnostik adhedhasar (yaiku, karoThermoFisher Taq Path COVID-19 assay, variasi B.1.1.7semut lan varian liyane karo del6970 ngasilake negatifasil kanggo target S-gen lan asil positif kanggo loro liyanetarget);SGTF wis dadi proxy ing Inggriskanggo ngenali B.1.1.7 kasus (1).Multiple baris bukti nuduhake yen B.1.1.7 luwihditularake kanthi efisien dibandhingake karo SARS-CoV-2 liyanevarian sing beredar ing Inggris.wilayah UK karoproporsi sing luwih dhuwur saka urutan B.1.1.7 duwe epidemi luwih cepetwutah saka wilayah liyane, diagnosa karo SGTF tambahluwih cepet saka diagnosa non-SGTF ing wilayah padha, lanproporsi sing luwih dhuwur saka kontak sing kena infeksi dening pasien indekskanthi infèksi B.1.1.7 tinimbang pasien indeks sing kena infeksivarian liyane (1,3).Varian B.1.1.7 duweni potensi kanggo nambah panci USlintasan demic ing sasi teka.Kanggo nggambarake efek kasebut,prasaja, model kompartemen loro-varian dikembangaké.Prevalensi AS saiki B.1.1.7 ing antarane kabeh sirkulasivirus ora dingerteni nanging dianggep <0,5% adhedhasarnomer winates kasus dideteksi lan data SGTF (8).Kanggomodel, pemanggih awal kalebu prevalensi B.1.1.7saka 0,5% antarane kabeh infèksi, kakebalan SARS-CoV-2 sakainfeksi sadurunge 10%30%, reproduksi sing beda-beda wektunomer (R t ) saka 1.1 (mitigasi nanging nambah transmisi)utawa 0,9 (nurunake transmisi) kanggo varian saiki, lan kedadeyan sing dilaporake 60 kasus saben 100.000 wong saben dina.1 Januari 2021. Asumsi kasebut ora diwakili kanthi tepatsembarang lokasi US siji, nanging rodo, nuduhake generalisasi sakakahanan umum ing saindhenging negara.Owah-owahan ing R t liwatwektu asil saka kakebalan angsal lan nambah prevalence saka B.1.1.7, dimodelake, kanthi B.1.1.7 R t dianggepdadi pancet 1,5 kaping R t saka varian saiki, adhedhasarprakiraan awal saka Inggris (1,3).Sabanjure, dampak potensial saka vaksinasi dimodelakeassuming sing 1 yuta dosis vaksin diterbitake sabendina wiwit 1 Januari 2021, lan kekebalan 95%.digayuh 14 dina sawise nampa 2 dosis.khususe,kakebalan marang infèksi karo salah siji varian saiki utawa ingB.1.1.7 varian iki dianggep, sanajan efektifitas lansuwene pangayoman marang infeksi tetep ora mesthi,amarga iki dudu titik pungkasan utama uji kliniskanggo vaksin dhisikan.Ing model iki, prevalensi B.1.1.7 wiwitane kurang, nanging amargaiku luwih transmissible saka varian saiki, pameranwutah kanthi cepet ing awal 2021, dadi varietas utamasemut ing Maret (Gambar 1).Apa transmisi saikivarian nambah (R t = 1,1 wiwitan) utawa mudhun alon-alon(R t = 0.9 awal) ing Januari, B.1.1.7 ndadékaké owah-owahan substansialing lintasan transmisi lan fase eksponensial anyarwutah.Kanthi vaksinasi sing nglindhungi saka infèksi, inglintasan epidemi awal ora ngganti lan B.1.1.7 nyebarisih ana (Gambar 2).Nanging, sawise B.1.1.7 dadivarian dominan, transmisi sawijining wis suda.Efek vaksinasi kanggo nyuda transmisi ing cedhakistilah kasebut paling gedhe ing skenario ing ngendi transmisi kasebutwis suda (R t = 0,9 wiwitan) (Gambar 2).awal efforts singbisa matesi panyebaran varian B.1.1.7, kayata universal lantambah kepatuhan karo strategi mitigasi kesehatan masyarakat,bakal ngidini luwih akeh wektu kanggo vaksinasi sing terus-terusan kanggo entuk luwih dhuwurkekebalan tingkat populasi.

rembugan

Saiki, ora ana bedane asil klinisdigandhengake karo varian SARS-CoV-2 sing diterangake;nanging,tingkat transmisi sing luwih dhuwur bakal nyebabake luwih akeh kasus, nambahjumlah wong sakabèhé sing mbutuhake perawatan klinis, exacernyuda beban ing sistem perawatan kesehatan sing wis tegang,lan nyebabake pati luwih akeh.Pengawasan genomik teruskanggo ngenali B.1.1.7 kasus, uga emergence saka liyaneVarian badhan ing Amerika Serikat, penting kanggoTanggapan kesehatan masyarakat COVID-19.Dene asil SGTFbisa mbantu ngenali kasus B.1.1.7 potensial sing bisa dikonfirmasikanthi urutan, ngenali varian prioritas sing ora nuduhakeSGTF mung gumantung ing ndjogo adhedhasar urutan.

 

 

 

Jeneng varian

Identifikasi pisanan  

Mutasi karakteristik

(protein: mutasi)

Jumlah kasus sing dikonfirmasi urutan saiki No. saka

negara karo

urut-urutan

Panggonan Tanggal Amerika Serikat Sak ndonya  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) Inggris Sep 2020 ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T,

del36753677 SGF

S: del6970 HV, del144 Y, N501Y,

A570D, D614G, P681H, T761I,

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15.369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) Afrika Kidul Okt 2020 ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S: K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 Brasil lan Jepang Januari 2021 ORF1ab: F681L, I760T, S1188L,

K1795Q, del36753677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,

K417T, E484K, N501Y, D614G,

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Singkatan: del = pambusakan;E = protein amplop;N = protein nukleokapsid;ORF = pigura maca mbukak;S = protein spike.

Pengalaman ing Inggris lan model B.1.1.7presented ing laporan iki nggambarake impact sing luwih nularivarian bisa duwe ing jumlah kasus ing populasi.Ingtambah transmissibility saka varian iki mbutuhake malah luwihimplementasine gabungan vaksinasi lan mitiga sing ketatlangkah-langkah (contone, jarak, masking, lan kebersihan tangan)kanggo ngontrol panyebaran SARS-CoV-2.Iki ngukur bakalluwih efektif yen dileksanakake luwih cepet tinimbang mengkokanggo alon panyebaran dhisikan saka varian B.1.1.7.Upaya kanggonyiapake sistem perawatan kesehatan kanggo mundhak luwih ing kasus singdijamin.Tambah transmisi uga tegese luwih dhuwursaka jangkoan vaksinasi sing diantisipasi kudu digayuhentuk tingkat kontrol penyakit sing padha kanggo nglindhungi masyarakatdibandhingake karo varian kurang transmissible.Kanthi kolaborasi karo akademisi, industri, negara, teritorial,suku, lan mitra lokal, CDC lan agensi federal liyanekoordinasi lan ningkatake pengawasan genomik lanupaya karakterisasi virus ing saindhenging Amerika Serikat.CDCkoordinasi upaya urutan AS liwat SARS-CoV-2Urutan Tanggap Darurat Kesehatan Masyarakat,Epidemiologi, lan Pengawasan (SPHERES)§§konsorsium,sing kalebu kira-kira 170 institusi sing melu lan promosi enggo bareng data mbukak kanggo nggampangake panggunaan SARS-CoV-2.data urutan.Kanggo nglacak evolusi virus SARS-CoV-2, CDC yaikungleksanakake ndjogo genomik multifaceted kanggo mangerteniproses epidemiologi, imunologi, lan evolusising mbentuk filogeni virus (phylodynamics);nuntun wabahinvestigasi;lan nggampangake deteksi lan characterizakemungkinan reinfeksi, kasus terobosan vaksin, lanvarian virus sing muncul.Ing November 2020, CDC diadegaképrogram National SARS-CoV-2 Strain Surveillance (NS3).kanggo nambah perwakilan saka SARS-CoV-2 domestikurut-urutan.Program kasebut kolaborasi karo 64 publik ASlaboratorium kesehatan kanggo ndhukung sistem pengawasan genomik;NS3 uga nggawe koleksi spesimen SARS-CoV-2 and urutan kanggo ndhukung respon kesehatan masyarakat lan ilmiahriset kanggo ngevaluasi impact bab mutasi ingcountermeasures medical dianjurake ana.CDC wisuga dikontrak karo sawetara labora klinis komersial gedhengurutake puluhan ewu SARS-CoV-2 kanthi cepetspesimen positif saben sasi lan wis mbiayai pitung akademisiinstitusi kanggo nganakake pengawasan genomik ing kemitraankaro lembaga kesehatan masyarakat, saéngga nambah sacara substansialkasedhiyan data ndjogo genomik pas wektune saka tengenAmerika Serikat.Saliyane inisiatif nasional kasebut,akeh negara lan lembaga kesehatan masyarakat lokal sing sequencing

GAMBAR 1. Simulasi lintasan insidensi kasus* saka varian SARS-CoV-2 saiki lan varian B.1.1.7,nganggep ora ana vaksinasi komunitaslan R t awal = 1.1 (A) utawa R t awal = 0.9 (B) kanggo varian saikiAmerika Serikat, JanuariApril 2021

 

tokoh 1
tokoh 2
singkatan
tokoh 1

SARS-CoV-2 kanggo luwih ngerti epidemiologi lokal lanndhukung respon kesehatan masyarakat kanggo pandemi.Panemon ing laporan iki tundhuk ing paling telung limitations.Kaping pisanan, gedhene paningkatan transmissibiling Amerika Serikat dibandhingake karo sing diamati ingInggris tetep ora jelas.Kapindho, prevalensi sakaB.1.1.7 ing Amerika Serikat uga dingerteni ing wektu iki, nangingdeteksi varian lan estimasi prevalensi bakal nambahkaro efforts ndjogo US meningkat.Pungkasan, mitiga lokalukuran tion uga banget variabel, anjog kanggo variasi ingR t .Asil tartamtu presented kene adhedhasar simulasilan nganggep ora ana owah-owahan ing mitigasi ngluwihi 1 Januari.Transmissibility tambah saka perang varian B.1.1.7rants implementasine ketat saka strategi kesehatan masyarakat kanggonyuda transmisi lan nyuda dampak potensial saka B.1.1.7,tuku wektu kritis kanggo nambah jangkoan vaksinasi.CDCdata modeling nuduhake yen universal nggunakake lan tambah compliance karo langkah mitigasi lan vaksinasi wigati kanggonyuda jumlah kasus anyar lan tiwas sacara substansial ingsasi teka.Salajengipun, testing strategis wong tanpagejala COVID-19, nanging sing duwe risiko tambahinfeksi SARS-CoV-2, menehi kesempatan liyane kanggomatesi panyebaran sing terus-terusan.Secara kolektif, pengawasan genomik ditingkatakelance digabungake karo tambah selaras karo kesehatan masyarakatstrategi mitigasi, kalebu vaksinasi, jarak fisiknggunakake masker, kebersihan tangan, isolasi lan karantina,bakal penting kanggo matesi panyebaran SARS-CoV-2 lannglindhungi kesehatan masyarakat.

Matur nuwun

Anggota Sequencing for Public Health EmergencyKonsorsium Tanggapan, Epidemiologi lan Pengawasan;negara lan lokallaboratorium kesehatan masyarakat;Asosiasi Laboratorium Kesehatan Masyarakat;Tim Tanggap COVID-19 CDC;Cabang Virus Pernafasan,Divisi Penyakit Virus, CDC.Komite Editor Jurnal Kedokteran mbentuk kanggo pambocoran potensialkonflik kepentingan.Ora ana konflik kepentingan potensial sing dibeberke.

Referensi

1. Kesehatan Masyarakat Inggris.Investigation novel SARS-CoV-2 varian: varian saka badhan 202012/01, technical briefing 3. London, Inggris: Public Health Inggris;2020. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_England.pdf
2. Kemp SA, Harvey WT, Datir RP, et al.Muncul lan transmisi pambusakan spike SARS-CoV-2 ΔH69/V70.bioRxiv[Preprint dikirim online 14 Januari 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Volz E, Mishra S, Chand M, et al.Transmisi garis keturunan SARS-CoV-2 B.1.1.7 ing Inggris: wawasan saka ngubungake data epidemiologis lan genetik.medRxiv [Preprint dikirim online 4 Januari 2021].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA, Christie A, Rose DA, et al.;Tim Tanggap COVID-19 CDC.Ringkesan pandhuan kanggo strategi kesehatan masyarakat kanggo ngatasi tingkat dhuwur saka transmisi komunitas SARS-CoV-2 lan kematian sing gegandhengan, Desember 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:1860–7.PMID:33301434 https://doi.org/10.15585/mmwr.mm694/mmwr.mm694/mmwr.
5. Volz E, Hill V, McCrone JT, et al.;Konsorsium COG-UK.Ngevaluasi efek mutasi spike SARS-CoV-2 D614G ing transmisi lan patogenisitas.Sel 2021;184:64–75.e11.PMID: 33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, et al.;Sheffield COVID-19 Genomics Group.Nglacak owah-owahan ing lonjakan SARS-CoV-2: bukti manawa D614G nambah infektivitas virus COVID-19.sel
2020;182:812–27.PMID:32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. McCarthy KR, Rennick LJ, Namnulli S, et al.Pambusakan alami ing SARS-CoV-2 spike glycoprotein drive antibodi uwal.bioRxiv [Preprint dikirim online 19 November 2020].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.Washington NL, White S, Schiabor KM, Cirulli ET, Bolze A, Lu JTS.S pola putus gen ing tes SARS-CoV-2 nyaranake panyebaran mutasi H69del/V70del ing AS.medRxiv [Preprint dikirim online 30 Desember 2020].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F, et al.Uwal saka netralake antibodi dening varian protein spike SARS-CoV-2.eLife 2020;9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, et al.Pemetaan mutasi sing komprehensif menyang domain pengikat reseptor SARS-CoV-2 sing mengaruhi pangenalan antibodi serum manungsa poliklonal.bioRxiv [Preprint dikirim online 4 Januari 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


Wektu kirim: Feb-11-2021